麻豆北玄宮現位居於麻豆區埤頭里，恭奉主神『北極玄天上帝』經由村中耆老口述，本宮玄天上帝之歷史沿革起源於明末清初(西元1678年清朝康熙皇帝十七年) 自《福建省泉州府南安縣廿七都冷井埔》（今福建省南安市英都鎮牛竹巷）隨施琅將軍來台，據傳廟後施氏原住小埤里三九二番地附近(廟後施氏與小埤里施萬基同族)。由當時施、梁兩姓人氏先人從大陸武當山請回北極玄天上帝供奉於?荳社小埤庄，約在清嘉慶年間（約二百年前或更早）相傳因為「火災」造成多人傷亡，由施欽、施文好兩族人，才搬至埤頭庄廟後部落居住，迄今來台三百三十餘年以上歷史，保佑鄉里開墾平安，供奉之時香火鼎盛，建廟前後歷經上帝公乩子施合、施水然、施師風、施丁榮四代金子暨天虎將軍乩子王財源百年救世神跡頻傳，神威顯赫。本宮現址古代相傳為「青蛙寶穴」每逢下雨四週青蛙聲音繚繞，經耆老口述相傳當時麻豆林家先人為得此風水寶穴特聘請大陸知名地理師前來勘與欲得此寶穴，於現今廟東北方設置墓地俗稱「大墓堀」，當時埤頭境主三王廟吳府千歲降駕指示地理師不得將先人朝座向正穴位，否則將會導致村莊敗庄，但地理師仍不聽王爺公之言將林家先人埋入正向位後眼睛即失明，相傳後來吳府千歲會同玄天上帝降駕指示於大墓堀設置三處虎尾寮厝射向大墓堀以化解此煞，且當時因村莊不平靜麻豆十字路觀音寺觀音佛祖亦於現廟地西北方立石碑鎮煞，不久後林家子孫深怕影響後代子孫才將大墓遷移，爾後來才有玄天上帝點地得此「青蛙寶穴」建立「玉旨北玄宮」廟地的傳奇故事。

    經耆老口述日據時代日本皇軍實行除神明政策，因深怕除神政策恐連累庄中信眾，因而將玄天上帝神尊請至當時六甲鄉赤山龍湖巖暫住，直到民國三十四年台灣光復後，庄中耆老前往赤山龍湖巖欲將神尊請回時，發現神尊已經遺失。至民國六十二(一九七三)年某日，玄天上帝聖駕經由當時二代金子施水然之身顯靈降出，指示上帝公要重立金身回庄中保祐村里，並由施金獅弟子發起重新雕立北極玄天上帝金身重責大任，金身完成後玄天上帝金身於每年玄天上帝聖誕三月初三日時隨值年爐主家中供俸之。於民國七十八年由庄眾信徒發起成立管理委員會，於民國八十九年依照玄天上帝聖示點地後並由全體信眾籌措幕資興建「玉旨北玄宮」於現址，並推選建廟籌備管理委會主任委員施屋負責寺廟籌建工作，直至民國九十四年農曆二月十九日入火安座落成。後依照北極玄天上帝指示於民國九十八年三月六日(農曆二月初十日)舉辦建宮謝土大典，典禮當天四週村落居民皆踴躍參與謝土大典，普桌數百桌場面相當盛大且隆重。

    大道無常，民國九十八年八月八日因莫拉克颱風引發曾文溪潰堤，造成麻豆地區嚴重水患，本宮所在地更是一片水鄉澤國災情慘重，水淹近一層樓高所幸神尊金身無礙，幸於淹水退後八月十日主任委員施朝清接獲南投縣名間鄉受天宮吳文雄主任委員電話，告知本宮北極玄天上帝前往降駕指示同胞有難懇請前往救災，並於八月十一日運來救災物資，讓本宮境內受災居民得以溫飽，也讓本宮信徒們皆感受到北極玄天上帝神威顯赫救苦救難。災後，本宮玄天上帝聖駕於民國九十八年九月二十七日降駕指示感念同胞兄弟相助，欲前往南投縣名間鄉松柏嶺受天宮過爐，遂於民國九十九年四月十一日由本宮全體信徒暨各友宮共同完成過爐謁祖遶境活動，也順利完成災後平安繞境之要務。在八八水災之時本宮天公爐及外五營兵馬流失，上帝公經由託夢指示當時主任委員施朝清前往學甲地區找一佛祖座前有玄天上帝金身之金光寶殿借調兵馬，經兩星期之尋找在即將放棄時最後才尋得上帝公同胞台南幫開基祖廟頭港鎮安宮慈雲寺觀音佛祖借調一營兵馬先行安營護?，也因此建立本宮與台南幫開基祖廟學甲頭港鎮安宮有著人與神的交流，鎮安宮慈雲寺觀音佛祖後續回訪會香時，慈雲寺觀音佛祖降駕指示調兵之事乃觀音佛祖與玄天上帝『萬年緣分、金蘭之交』情誼，傳奇故事流傳後代子孫。

    為感謝觀音佛祖之恩本宮玄天上帝指示於農曆戊戌年二月初八日卯時前往赤山龍湖巖、南投受天宮暨頭港鎮安宮過爐，並取得赤山龍湖巖後殿觀音佛祖香火回宮中供奉，開基玄天上帝於國曆一一○年七月十八日降駕指示依照頭港鎮安宮慈雲寺金面觀音佛祖座像雕立本宮觀音佛祖金身，且於農曆辛丑年十月二十三日巳時前往赤山龍湖巖開光大吉，迎得赤山龍湖巖靈脈觀音佛祖金身回宮奉祀庇佑鄉里，傳奇故事萬代流芳。
               

中 華 民 國 一一○ (西元二○二一) 年 十 月   謹識